We zien hoe SpongeBob tijdens een zomerkamp kennismaakt met de rest van Bikinibroek. Nadat SpongeBobs huisdier, de slak Gerrit, ontvoerd wordt gaat hij samen met Patrick op een groots avontuur naar de verloren stad Atlantis om Gerrit te redden. Terwijl ze langs de geneugten en gevaren van deze gevaarlijke reddingsmissie navigeren, bewijzen SpongeBob en zijn vrienden dat er niets sterker is dan de kracht van vriendschap.
