Op een warme zomerdag hoorde een jongen het geluid van klokken luiden, alsof hij een feest vierde, in de berg vlakbij zijn huis. Enkele jaren later stuit de mushishi Ginko op diezelfde berg op een jong meisje in een berg met takken en bladeren die uit haar lichaam groeien. Hij realiseert zich later dat zij de heer van die berg is, maar vindt het vreemd dat een mens als zij tot heer werd gekozen. Hij ontmoet haar oudere broer die haar blijft zoeken sinds ze verdween terwijl hij hem vergezelde op een stormachtige dag. Het verhaal gaat over Ginko's eigenaardige reis te midden van het occulte om het mysterie achter het enigmatische meisje genaamd Kaya en de berg die haar thuis is geworden te ontrafelen.