Deze prequel speelt zich af voor de originele 'Ghost in the Shell'-films. Het speelt zich af in het jaar 2027, een jaar na de vierde (niet-nucleaire) wereldoorlog. Verschillende bureaus bestrijden cybermisdaad in de metropool Newport City. Wanneer een bom in de stad is afgegaan, begint de cyborg-hacker Motoko Kusanagi in dienst van het leger en lid van de '501 Secret Unit' een onderzoek. Hierbij raakt ze al snel verstrengeld in een gevaarlijk onderzoek naar de ontplofte bom.
