An 2201 AD. Âgée de 16 ans, Ruri est à présent le capitaine du nouveau vaisseau Nadesico B, successeur de l’ancien Nadesico désormais désaffecté. Depuis quelques temps, des forces inconnues s’attaquent à plusieurs colonies et Ruri a pour mission de découvrir ce qui se cache derrière cette étrange affaire. Son vaisseau se dirige vers la colonie principale Amaterasu. Sur place, l’équipage commence ses investigations lorsque survient un étrange bug. Sur tous les ordinateurs et écrans de la base s’affiche alors un mystérieux message : OTIKA. Toute la colonie est rapidement prise de panique.
