La teniente Motoko Kusanagi pertenece a la Seccion 9, un grupo de fuerzas especiales del gobierno. Esta vez su mision sera capturar a un Hacker bastante peligroso que se llama a si mismo el Marionetista. Pero las cosas se complican cuando se descubre que este Hacker es en realidad una Inteligencia Artificial que vive en la Red.