Ingeniøren Joe Brody overlever i 1999 en reaktorulykke på et atomkraftværk i Japan. 15 år senere erfarer hans søn, marinesoldaten Ford, at ulykken skyldtes vældige naturkræfter, vakt til live efter års dvale. Nu raseres Stillehavets kyster af to kæmpemonstre, der næres af radioaktivitet. Men et tredje uhyre, Godzilla, er også vågnet, og menneskehedens eneste chance er at få monstrene til at bekrige hinanden.
